Klub założono w 2011 roku z inicjatywy osób związanych z lokalnym sportem kobiecym, a jego założycielem i wieloletnim trenerem był Jerzy Wnuk-Lipiński.
KKPN Olimpico Malbork zgłosił drużynę do rozgrywek III ligi (grupa pomorska). Przez kolejne lata drużyna regularnie występowała na poziomie III ligi kobiet, stanowiąc stabilny punkt na piłkarskiej mapie województwa pomorskiego.
W listopadzie 2018 roku młodzieżowa drużyna występując pod szyldem KKPN Olimpico Malbork / Sierakowice wywalczyła tytuł Mistrzyń Pomorza wygrywając turniej finałowy Międzywojewódzkich Mistrzostw Młodziczek U-13. Zwycięstwo na szczeblu regionalnym dało klubowi przepustkę do dalszego etapu. W finale Klubowych Mistrzostw Polski Kobiet U-13 zespół zajął 8. miejsce w Polsce.
Zawodniczki Olimpico Malbork regularnie wyjeżdżały na turnieje zagraniczne (m.in. triumf w Kalingradzie 2018 czy udział w Dana Cup 2019)
W 2021 roku Jerzy Wnuk-Lipiński powrócił do pracy z najmłodszą kategorią skrzatów w Malborku, inicjując cykl regularnych zajęć dla dzieci. Ta inicjatywa dała podwaliny pod dzisiejszą działalność KPN Olimpico Malbork.
W 2026 roku przeprowadzono zmiany organizacyjne, powołując nowy zarząd klubu, aby zapewnić młodym zawodnikom ciągłość ścieżki kariery piłkarskiej w barwach Olimpico. Klub oficjalnie zmienił nazwę na Klub Piłki Nożnej Olimpico Malbork, prowadząc zajęcia koedukacyjne dla grup skrzatów, żaków, orlików i młodzików.
KPN Olimpico Malbork aktywnie uczestniczy w oficjalnych rozgrywkach Polskiego Związku Piłki Nożnej (F2, E1, D2) oraz licznych turniejach.